ВМФ ВС СССР организационно состоял из следующих родов сил:

• подводные силы,
• надводные силы,
• морская авиация,
• береговые ракетно-артиллерийские войска
• морская пехота.

В его состав входили также корабли и суда вспомогательного флота, подразделения и части специального назначения (СпН) и различные службы.
Главными родами сил являлись подводные силы и морская авиация. Кроме того, в составе ВМФ ВС СССР имелись части и учреждения тыла.
Главный штаб ВМФ ВС СССР — город Москва.

• Дважды Краснознамённый Балтийский флот
• Краснознамённый Северный флот
• Краснознамённый Тихоокеанский флот
• Краснознамённый Черноморский флот
• Краснознамённая Каспийская флотилия
• Краснознамённая Ленинградская военно-морская база

Возглавлял ВМФ ВС СССР главнокомандующий (командующий, начальник Морских сил Республики, народный комиссар, министр), являвшийся заместителем Министра обороны СССР. Ему подчинялись Главный штаб и управления ВМФ.

• Дыбенко, Павел Ефимович (1917—1918)
• Иванов, Модест Васильевич (1918)
• Альтфатер, Василий Михайлович (1918—1919)
• Беренс, Евгений Андреевич (1919—1920)
• Нёмитц, Александр Васильевич (1920—1921)
• Панцержанский, Эдуард Самуилович (1921—1924)
• Зоф, Вячеслав Иванович (1924—1926)
• Муклевич, Ромуальд Адамович (1926—1931)
• Орлов, Владимир Митрофанович (1931—1937)
• Викторов, Михаил Владимирович (1937—1938)
• Смирнов, Пётр Александрович (1938)
• Смирнов-Светловский, Пётр Иванович (1938, и. о.)
• Фриновский, Михаил Петрович (1938—1939)
• Кузнецов, Николай Герасимович (1939—1947, 1951—1956)
• Юмашев, Иван Степанович (1947—1951)
• Горшков, Сергей Георгиевич (1956—1985)
• Чернавин, Владимир Николаевич (1985—1992)

• Галлер, Лев Михайлович (1938—1940)
• Исаков, Иван Степанович (1940—1942, 1946—1947)
• Алафузов, Владимир Антонович (1942—1943 — и. о., 1944—1945)
• Степанов, Георгий Андреевич (1943—1944 — и. о.)
• Кучеров, Степан Григорьевич (1945—1946)
• Головко, Арсений Григорьевич (1947—1952)
• Фокин, Виталий Алексеевич (1952—1958)
• Зозуля, Фёдор Владимирович (1958—1964)
• Сергеев, Николай Дмитриевич (1964—1977)
• Егоров, Георгий Михайлович (1977—1981)
• Чернавин, Владимир Николаевич (1981—1985)
• Макаров, Константин Валентинович (1985—1992)

Военно-морской флаг СССР представлял собой прямоугольное полотнище белого цвета с соотношением сторон 2:3, с узкой полосой синего цвета вдоль нижней кромки. Над синей полосой в левой части флага изображалась красная звезда, а в правой — красные серп и молот. Флаг был принят 27 мая 1935 года постановлением ЦИК и СНК СССР № 1982/341 «О военно-морских флагах Союза ССР».

Истоком Военно-морского флота СССР были Морские силы РККА РСФСР. Гражданская война в России привела к резкому сокращению корабельного состава Морские сил РККА Республики. Из-за огромной убыли боевых кораблей (потопленных, захваченных противником, интернированных Антантой, или полностью утративших боеспособность) общее водоизмещение кораблей МС РККА на начало 1921 года составляло всего лишь 16,2 % от суммарного водоизмещения Российского императорского флота. В 1921 году по сравнению с 1917 годом в боевом составе флота оставалось всего 5,5 % линейных кораблей, 0 % крейсеров, 10 % эскадренных миноносцев, 5,8 % подводных лодок, 2,7 % минных и сетевых заградителей, 4,9 % канонерских лодок, 7,2 % посыльных и сторожевых судов. Потери противоминных кораблей и катеров были наименее чувствительными, а наиболее тяжёлыми — в классе крейсеров.
Общая деградация затронула и другие рода сил флота. Так, число батарей береговой артиллерии на Балтике сократилось в три раза, на Чёрном море — в два раза, а на Русском севере система береговой обороны перестала вообще существовать. Авиационные части МС РККА были ликвидированы в 1920 году, и в оперативном подчинении флотских командиров остались лишь немногочисленные воздушные отряды, в составе которых к началу 1921 года было всего 36 устаревших самолётов с высокой степенью физического износа.
Взятый советским правительством курс на сокращение флота привёл к тому, что с марта 1921 по декабрь 1922 года численность личного состава Морских сил РККА РСФСР была сокращена с 86 580 до 36 929 человек, а объём ассигнований на военное судостроение и судоремонт — сокращены примерно в 3,3 раза.

28 марта 1924 года — было организовано Управление Военно-морских сил (УВМС) РККА СССР. Возглавил управление начальник ВМС РККА Э. С. Панцержанский, подчинявшийся непосредственно наркому по военным и морским делам СССР Л. Д. Троцкому (Бронштейн). Управление ВМС предназначалось для руководства эксплуатационно-восстановительной, кадровой, административно-хозяйственной, учебной, технической, гидрографической и научной деятельностью Военно-Морских Сил страны.
Управление ВМС должно было произвести:

1. Учёт военных и мобилизационных возможностей Морских сил Балтийского (начальник М. В. Викторов), Чёрного (начальник А. К. Векман), Каспийского морей (начальник П. П. Михайлов), Владивостокского морского отряда (начальник И. К. Кожанов) и Амурской военной флотилии (начальник С. А. Хвицкий).
2. Учёт требований для восстановления и постройки военных судов, находящихся на хранении.
3. Перспективное планирование военного восстановления и строительства типов и классов кораблей.
4. Координацию действий ведомств, для обеспечения выполнения, поставленных директивами задач и проверку их точного исполнения.
5. Установление норм и порядка содержания имущества и корабельного состава в кампании, вооруженном резерве и на хранении.
6. Подбор и обучение начальствующего и другого состава для ВМС.
7. Создание и материально-техническое обеспечение учебных заведений для ВМС.
8. Установление мероприятий по обеспечению безопасности плавания в морях СССР.

02 апреля 1924 года — Штаб РККА (начальник М. В. Фрунзе) подготовил сводную ведомость об удовлетворении потребности военного флота СССР в части специального снабжения и специальных материалов, которые не могут быть изготовлены на заводах внутри республики по ряду причин.
12 апреля — Начальник ВМС РККА Э. С. Панцержанский представил доклад в Военно-морскую инспекцию ЦКК РКП(б) о стратегических планах Морского ведомства и о срочном разрешении вопроса дальнейшего военно-морского строительства.
25 апреля — Военный комиссар и помощник начальника Штаба РККА СССР М. Н. Тухачевский, во исполнение решения Военно-морской инспекции ЦКК РКП(б), составил и разослал Начальнику ВВС РККА А. П. Розенгольцу, инспектору артиллерии РККА Ю.М. Шейдеману, начальнику снабжения РККА И. С. Уншлихту, начальнику Артиллерийского управления РККА В. К. Садлуцкому, помощнику начальника Штаба РККА Б. М. Шапошникову и начальнику ВМС РККА Э. С. Панцержанскому, циркулярное письмо.

«Прошу подготовить материалы:
1. Выяснить возможности в развитии нашего производства в области артиллерии и авиации, как в нашей промышленности, так и путем заказов за границей;
2. Выяснить возможность постройки новых заводов для осуществления намеченной программы;
3. Все эти возможности должны быть намечены в пятилетнюю программу;
4. В связи с намеченной строительной программой должен быть проработан вопрос подготовки личного состава, а также обеспечение всеми видами снабжения.
Первое заседание назначается на 15 часов 30 апреля, на каковое прошу прислать Ваших представителей со всеми материалами. Весьма желательно Ваше личное участие».

9 июля — Совет труда и обороны СССР (председатель Л. Б. Каменев (Розенфельд) постановил приобрести за границей тральщики для разминирования акваторий Чёрного и Азовского морей от имеющихся там минных заграждений.
12 сентября — СНК СССР выработал план по вопросу о судостроении:

1. Путём обследования заводов, выявить целесообразность включения в программу и военного судостроения как по Северу, так и по Югу, так как к достройке военных кораблей возможно приступить немедленно.
2. Обратить на военное судостроение в 1924/25 годах 2,6 млн руб. из 5 млн чрезвычайного фонда, ассигнованного СНК на судостроение.
3. Отпустить 1 млн руб. из госфондов на судостроительную военную программу, вырученных от продажи негодных судов морведа за границу.

29 октября — Совет труда и обороны СССР постановил приступить к восстановлению 7 единиц корабельного состава ВМС РККА, бывших на хранении в военных портах (Балтика: крейсер «Светлана»; эсминец «Прямислав»; эсминец «Капитан Белли»; эсминец «Капитан Керн»; ПЛ «Форель»; Чёрное море: крейсер «Червона Украина»; эсминец «Корфу»), за невозможностью их содержания в строю флота в период 1917‑1923 г. г. или не достроенных в Первую мировую войну. Корабли эти по своим элементам сохранили современную боевую ценность, и восстановление их вызывает расход намного меньший постройки новых однотипных единиц.